南开大学环境科学与工程学院成立于1998年。其前身环境科学系(1983年建系)是我国综合性大学中最早成立的环境科学系。著名环境化学家戴树桂先生任首任系主任。国家环境咨询委员会委员朱坦教授任首任院长。现任院长为***特聘教授、国家***科学基金获得者周启星教授。
学院2000年首批成为环境科学与工程一级学科博士/硕士学位授权点单位，并拥有环境科学与工程博士后流动站。在历次国家一级学科评估中名列前茅。2001年环境科学专业被教育部批准为国家重点学科，成为我国4个环境科学国家重点学科之一；2007年再次被评为环境科学国家重点学科。2006年环境科学与工程学科被天津市认定为一级重点学科，2012年再次被批准为天津市一级重点学科。一直以来，南开大学环境学科不仅连续担任国务院学位委员会环境科学与工程学科评议组召集人或成员，也是教育部高等学校环境科学与工程教学指导委员会副主任或成员单位以及环境科学类专业教学指导分委员会主任或副主任单位，对我国环境学科的创建与发展发挥了重要作用。
由于环境科学国家重点学科的带动作用，学院学科建设取得显著进展，一批交叉和新型学科迅速成长并得到发展。生态学2011年成为经调整后首批一级学科博士学位授权点，2012年又被教育部批准设立生态学博士后首批流动站，并被天津市批准为首批一级重点学科。安全科学与工程目前是一级学科硕士学位授权点。资源循环科学与工程学科率先在国内进行建设，并于2011年开始招收本科生。
学院具有完整的学士、硕士和博士三级教学体系。目前，学院下设环境科学系、环境工程系、资源循环科学与管理系3个教学单位。在环境科学、环境工程、资源循环科学与工程三个专业每年招收本科生近100人，在环境科学、环境工程、环境管理与经济、生态学、安全科学与工程等多个领域每年招收硕士研究生120余人、博士生近40人，本科生和研究生的比例达1:1.5，实现了研究型大学的合理比例。至今，学院已培养出千余名毕业生，他们大多从事国家环境保护的科研、教学与管理工作，并发挥了重要的作用。在国外留学的学生中有3人获得了美国环境化学优秀研究生称号。1995年6月，国家环保局、国家教委曾授予"环境教育先进集体"光荣称号。《环境化学》和《环境学基础》是国家级精品课程。
